然而飛控電腦仍持續(xù)執(zhí)行“重飛”爬升自動操作的指令，電腦將機(jī)尾的水平安定面設(shè)定到機(jī)首上升的狀態(tài)，以抵銷駕駛員壓低機(jī)首的手動操作，最后飛機(jī)向上沖的攻角過大而失去升力而失速墜毀。1996年，日本愛知縣警方將機(jī)長王樂琦，副駕駛莊孟容及四名華航管理干部，以業(yè)務(wù)過失導(dǎo)致死傷的罪名移送法辦。 
1999年，名古屋地檢署以送辦的班機(jī)正副駕駛已身故，因此裁定不起訴處分，另四名華航干部也因罪證不足，獲判不起訴。名古屋高等法院裁定，名古屋空難完全是因為華航駕駛操縱失誤所造成。事故發(fā)生后，其中87位罹難者的家屬236人組成“統(tǒng)一原告團(tuán)”，向名古屋地方裁判所控告華航與空中客車公司，要求賠償196億日圓。 
在經(jīng)過將近十年的纏訟后，名古屋地方法院于2026年07月01日作出一審判決，認(rèn)定華航具有重大過失，必須賠償原告50億2641萬日圓的損失，但同案對空中客車公司的部分遭到駁回。臺灣藝人黑人陳建州的父親陳培元是中華航空140號班機(jī)座艙長，在這次事故中不幸遇難在。當(dāng)時，陳建州只有十七歲。