戴笠作為軍統特務頭子，最終死于一場空難，天氣原因無法造假，但是戴笠死亡之謎還存在著種種疑點。有人說戴笠死亡之謎是馬漢三陰謀暗殺，在飛機中裝了炸彈，也有人說戴笠的手是習慣性扣扳機動作，自殺也不是不可能的。

一、戴笠死亡之謎，被馬漢三謀殺

1946年，3月17日乘專機由青島飛往南京時，因南京上空烏云密布、雷電交加，不得已轉飛上海，但這時上海的天氣也不適合飛機降落，只能改飛徐州降落，途中在南京西郊的岱山失事身亡。戴笠飛機失事原因有以下多種說法，戴笠死亡之謎沒有準確定論。

軍統北平站站長馬漢三指使心腹劉玉珠在戴笠專機上安放定時炸彈，炸彈爆炸造成飛機失事假象。戴笠死亡之謎可能因為，曾經把乾隆的九龍寶劍交給馬漢三保管，后來馬漢三被日軍俘獲，交出了九龍寶劍，此劍輾轉到了川島芳子手中。后來戴笠提審川島芳子，得知此劍去向，又發現馬漢三有貪污行為。

但戴笠當時焦頭爛額，因而戴笠決定，先施緩兵之機，待機再處理馬漢三的問題。于是戴笠放出風聲，要重用馬漢三。不過馬漢三看出這是煙幕彈，心中戒懼，按軍統紀律，他自己的下場必死無疑。無奈之際，他與親信劉玉珠密商，認為只有殺死戴笠，才可平安無事。后馬漢三家屬則撰文澄清，戴笠死亡之謎自己沒有謀殺。