電視劇使徒行者結局和電影使徒行者結局不同，電影版中阿藍就是博仔，是康sir的兒子，臨死前說的是邵志朗是BJ。電視劇版中結局卓sir應該不是黑警，他確實是真的關愛那幾個臥底，爆Seed跟阿釘最后應該會在一起。
電視劇使徒行者結局中，小嘉被卓凱脅持，更被他帶到家強的地下室中，得知卓凱開槍殺死小嘉及家強，更放置炸彈炸死被家強禁錮的人，瑞安不禁大為滿意。卓凱為斬草除根派人將羨昕綁架到海邊，親自開槍殺害羨昕，但被從后跟蹤的羨晴看見。卓凱將自己成功加入犯罪集團的消息告知眾人，更成功將瑞安及其犯罪集團成員拘捕。
殊不知瑞安成功逃身，并致電給卓凱，指他打算公開全香港所有臥底警察的資料。使徒行者結局中家強與小嘉被追殺，兩人勢孤力弱，小嘉竟打算自殺以讓歹徒能放過家強。在對方人多勢眾下，小嘉與家強終被兇徒抓住，家強在打斗的期間與小嘉失去了聯系。
卓凱收到瑞安的來電，得知小嘉及羨晴被綁架，家強及卓凱為救人決定以身犯險，而瑞安亦借機向卓凱提出挑戰。瑞安指卓凱如未能在限時內在廠房中找出羨晴，他便會在電視節目中公開全香港的臥底身分。使徒行者結局羨昕憑著浩勤的鼓勵，孤身闖進瑞安存放電腦資料的地方，卻因而遇上了保護資料的殺手襲擊，無法反擊身陷險境。