電影使徒行者結局其實算是比較明確的了，阿藍這個販毒老大的身份已經確認無疑，最后剩下的吳鎮宇被歡喜哥搞死了。看起來很牛逼的董先生貌似是個大BOSS，結果最后還是死在了歡喜哥的手里，這樣的結局就說明其實歡喜哥才是最后的大贏家。
影片的結局，除了吳鎮宇扮演的警察Q Sir死了以外，其實張家輝扮演的阿藍也死了，是被歡喜哥搞死的，因為大Boss的殺人事情和毒品交易已經被警方掌握了，為了避免事情敗露，歡喜哥殺了大Boss，順便一不做二不休的把Q Sir和阿藍也給解決了，這樣知曉歡喜哥真正身份的人就都不在，也無法證明他的身份。
在電影結尾處，浴血奮戰的藍博文倒在街上，在生命的最后，他口中喃喃自語，觀眾卻無法聽清他嘴中的臺詞，有觀眾認為，在此處，藍博文對邵志朗說的是“You are Black Jack!”。阿藍真正的身份是康sir的兒子，只是為爸爸復仇，而真正的臥底，就是少爺，他只想做回博仔。