1984年12月，中英簽訂《中英聯合聲明》以解決香港問題，1987年決定拆毀寨城遷徙其中的流浪居民。1987年1月14日，中英正式達成清拆九龍寨城協議，并于原址建造公園，1994年4月九龍寨城清拆工程完成，之后改建為九龍寨城公園。清拆完成之后，在1997年香港回歸之前，九龍寨城公園劃入了英屬香港，屬于九龍城區。
于是在1991年的11月28日，九龍寨城開始清理，整個清拆過程于1994年4月完成，原址改建為九龍寨城公園，保留了一部分原九龍寨城的遺址和遺跡。九龍寨城終于走入歷史。
香港藝發局行政總裁茹國烈談起九龍寨時，流露出的不僅是惋惜之情，還有一層幻想，他說：“外國朋友來到香港，說要看九龍城寨.我會帶他們去城寨公園，給他們看看日本人的書，非常氣餒.拆了就是拆了，沒可能把它重建起來。但現實中消失了的東西，卻可以在幻想中再生。
老一輩的香港人，很多人都對已經被拆除的九龍寨城留戀不已。美國漫畫家特洛伊·博伊爾說：“我寧愿他們拆掉的是金字塔。一支美國金屬樂隊以“九龍寨城”(Kowloon Walled City)作為自己樂隊的名字。”清拆前夕，大量日本人來到九龍寨城進行考察，繪制了十分精細的結構圖，政府容許了一群日本探索家以一星期的時間來描繪城寨的地圖。